El funcionamiento y gestión del desarrollo rural implica la creación de estructuras asociativas o grupos de acción local, de los que forman parte los interlocutores y agentes sociales, privados y públicos, representativos de la población de cada zona. A cada grupo se le debe permitir la disposición de los medios para aplicar un programa concebido localmente. Entre los principios de funcionamiento figura el referente a que las acciones deben conformar un conjunto coherente y con capacidad para estimular y producir resultados tanto a corto como a largo plazo.

Su composición básica en general es una asamblea general y una junta directiva o consejo de coordinación, que es el órgano elegido por la asamblea para la gestión del programa. Aunque su composición varía de unos grupos a otros, sus órganos asamblearios y directivos están formados por entidades de la zona, como ayuntamientos y comarcas, sindicatos, asociaciones empresariales, asociaciones socioculturales, cooperativas agrícolas y personas físicas. Es preceptivo que los agentes económicos y las asociaciones representen, como mínimo, el 50% de los agentes miembros de los órganos de decisión de los Grupos de Desarrollo Rural.

Su línea de trabajo pasa por el diseño de una estrategia común y acciones innovadoras para el desarrollo de una zona. Se consideran innovadoras las nuevas formas de valorización de los recursos locales, las acciones que aportan nuevas respuestas a los problemas de las zonas rurales y la aplicación de innovación tecnológica.

Los equipos o centros de gestión realizan un trabajo de campo directo y poseen, por ello, un conocimiento tal de la realidad local que permite una movilización eficaz de los recursos del territorio. La clave del funcionamiento de estos equipos reside en su estrecha colaboración con los agentes públicos y privados del medio rural más inmediato desarrollando así un importante papel como dinamizadores sociales que, mucho más allá de limitarse a aprobar una serie de subvenciones, facilitan la implantación de nuevas empresas acordes a las características del territorio y a la población rural, que tradicionalmente se ha considerado bastante estática, e impulsan el desarrollo de sus territorios mediante acciones complementarias, como el impulso al asociacionismo empresarial o social, etc.

Otra característica esencial es la apuesta por el trabajo conjunto, que no se limita a los Grupos de Desarrollo Rural. Se trata también de procurar una organización vertical eficaz de trabajo conjunto, en el que se integren los diferentes niveles de colectividades territoriales, las agencias nacionales o regionales de desarrollo, las instituciones y la Unión Europea. En este sentido, se hace referencia a la creación de redes regionales, así como en el ámbito nacional e internacional para favorecer los intercambios de experiencias, métodos y de técnicas, y alentar la cooperación para alcanzar el objetivo común: el desarrollo de las zonas rurales.